科技部国际科技合作基地（国际联合研究中心）

新能源汽车工程中心

干细胞与再生医学国际联合研究中心

地震工程国际联合研究中心

可持续城市水系统国际联合研究中心

“2011”协同创新中心

智能型新能源汽车协同创新中心

教育部前沿科学中心（珠峰计划）

细胞干性与命运编辑前沿科学中心

教育部重点实验室

道路与交通工程教育部重点实验室

长江水环境教育部重点实验室

先进土木工程材料教育部重点实验室

嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室

岩土及地下工程教育部重点实验室

高密度人居环境生态与节能教育部重点实验室

心律失常教育部重点实验室

先进微结构材料教育部重点实验室

工程结构性能演化与控制教育部重点实验室

脊柱脊髓损伤再生修复教育部重点实验室

教育部国际合作联合实验室

地震工程国际合作联合实验室

生态化城市设计国际合作联合实验室

教育部工程研究中心

土木信息技术教育部工程研究中心

企业数字化技术教育部工程研究中心

新能源汽车教育部工程研究中心

建筑钢结构教育部工程研究中心

道路交通安全与环境教育部工程研究中心

重大工程施工技术与装备教育部工程研究中心

教育部其他研究中心

教育部设施农业网上合作研究中心（联合）

教育部城市环境与可持续发展研究中心（联合）

教育部中国大陆构造环境监测网络联合研究中心同济大学分中心

交通部协同创新平台

重交通道路耐久与安全交通部协同创新平台

其他省部级实验室

现代工程测量国家测绘地理信息局重点实验室（联合）

民航飞行区设施耐久与运行安全重点实验室

桥梁结构抗风技术交通行业重点实验室

中国气象局上海城市气候变化应对重点开放实验室（联合）